Methodik
ROI: complete Reference cDNA includierend +/-20bp exon intron Grenze plus Custom Spike-in (Sonden für intronische und regulatorische Varianten der Klassen 4 und 5 aus HGMD- und ClinVar-Annotation, Stand 01/2025).
Library: Capture based TWIST Library
Sequenzierung:
Aviti, Illumina- NovaSeq6000 oder NovaseqX Sequencer
Variantenklassifikation gemäß ACMG-Guidelines (Richards et al. 2015, PMID: 25741868) sowie, falls verfügbar, Gen-spezifischer Guidelines (https://cspec.genome.network/cspec/ui/svi) Varianten unklarer Signifikanz (VUS) werden nur berichtet, wenn sie als klinisch relevant angesehen werden Punktesystem nach Tavtigian et al., 2020, PMID: 32720330): „hot“ VUS: 5 Punkte; „warm“ VUS: 4 Punkte; „tepid“ VUS: 3 Punkte; „cool“ VUS: 2 Punkte; „cold“ VUS: 1 Punkt; „ice cold“ VUS: 0 Punkte).
Bestätigung des NGS-Ergebnisses wird für krankheitsauslösende Varianten mittels konventioneller Sanger-Sequenzierung durchgeführt, sofern die internen Qualitätskriterien nicht erfüllt sind.
Limitationen: Varianten (SNV/InDels) werden ab einer Allelfrequenz von >25% nachgewiesen. Größere Insertionen/Deletionen oder InDels können unter Umständen nicht detektiert werden, da sie als nicht-passende Bereiche vom Mapping-Algorithmus entfernt werden. Nicht alle potentiell relevanten Bereiche der untersuchten Gene (z. B. regulatorische Bereiche, Introns) können komplett abgedeckt werden. Strukturaberration oder Keimbahnmosaike können nicht ausgeschlossen werden. Bereiche mit schwierigen Sequenzbereichen wie z.B. repetitiven Sequenzen oder homologen Bereichen (LINEs, SINEs, Alu-Elemente, Pseudogenen oder Trinukleotid-Repeats) mit deutlich eingeschränkten Nachweisgrenze.
Entwicklungsbedingte und epileptische Enzephalopathie (DEE, EIEE), autosomal-dominant
ATP1A2,
ATP1A3,
ATP6V0A1,
ATP6V1A,
CACNA1A,
CACNA1E,
CDK19,
CELF2,
CHD2,
CUX2,
CYFIP2,
DNM1,
EEF1A2,
FBXO28,
FGF12,
GABBR2,
GABRA1,
GABRA2,
GABRA5,
GABRB1,
GABRB2,
GABRB3,
GABRG2,
GNAO1,
GRIN2B,
GRIN2D,
HCN1,
HNRNPU,
KCNA2,
KCNB1,
KCNC2,
KCNQ2,
KCNT1,
KCNT2,
NEUROD2,
NSF,
NTRK2,
PACS2,
PHACTR1,
PPP3CA,
RHOBTB2,
RNF13,
SCN1A,
SCN2A,
SCN3A,
SCN8A,
SIK1,
SLC1A2,
SPTAN1,
STXBP1,
YWHAG
Entwicklungsbedingte und epileptische Enzephalopathie (DEE, EIEE), autosomal-rezessiv
AARS1,
ACTL6B,
ADAM22,
AP3B2,
ARV1,
CAD,
CNPY3,
CPLX1,
DALRD3,
DENND5A,
DMXL2,
DOCK7,
FRRS1L,
GAD1,
GLS,
GOT2,
GRIN1,
GUF1,
HID1,
ITPA,
MDH1,
MDH2,
NECAP1,
PARS2,
PIGB,
PIGP,
PIGQ,
PIGS,
PLCB1,
PNKP,
SCN1B,
SLC12A5,
SLC13A5,
SLC25A12,
SLC25A22,
SLC38A3,
ST3GAL3,
SYNJ1,
SZT2,
TBC1D24,
TRAK1,
UBA5,
UGDH,
UGP2,
WWOX
Entwicklungsbedingte und epileptische Enzephalopathie (DEE, EIEE), X-chromosomal
ALG13,
ARHGEF9,
ARX,
CDKL5,
FGF13,
PCDH19,
PIGA,
SLC35A2,
SMC1A
Gesamte Genliste
AARS1, ACTL6B, ADAM22, ALG13, AP3B2, ARHGEF9, ARV1, ARX, ATP1A2, ATP1A3, ATP6V0A1, ATP6V1A, CACNA1A, CACNA1E, CAD, CDK19, CDKL5, CELF2, CHD2, CNPY3, CPLX1, CUX2, CYFIP2, DALRD3, DENND5A, DMXL2, DNM1, DOCK7, EEF1A2, FBXO28, FGF12, FGF13, FRRS1L, GABBR2, GABRA1, GABRA2, GABRA5, GABRB1, GABRB2, GABRB3, GABRG2, GAD1, GLS, GNAO1, GOT2, GRIN1, GRIN2B, GRIN2D, GUF1, HCN1, HID1, HNRNPU, ITPA, KCNA2, KCNB1, KCNC2, KCNQ2, KCNT1, KCNT2, MDH1, MDH2, NECAP1, NEUROD2, NSF, NTRK2, PACS2, PARS2, PCDH19, PHACTR1, PIGA, PIGB, PIGP, PIGQ, PIGS, PLCB1, PNKP, PPP3CA, RHOBTB2, RNF13, SCN1A, SCN1B, SCN2A, SCN3A, SCN8A, SIK1, SLC12A5, SLC13A5, SLC1A2, SLC25A12, SLC25A22, SLC35A2, SLC38A3, SMC1A, SPTAN1, ST3GAL3, STXBP1, SYNJ1, SZT2, TBC1D24, TRAK1, UBA5, UGDH, UGP2, WWOX, YWHAG
HPO Terms
Developmental delay, Seizure, Global developmental delay, Intellectual disability, Epileptic encephalopathy, Microcephaly, Hypotonia, Hypertonia, Status epilepticus, Abnormal brain MRI, Cerebral atrophy, Hypomyelination, Severe intellectual disability, Autism spectrum disorder, Infantile spasms, Photosensitive seizures, Cortical dysplasia, Seizure cluster, Brain structural anomaly, Seizure semiology: focal impaired awareness
