Methodik
ROI: complete Reference cDNA includierend +/-20bp exon intron Grenze plus Custom Spike-in (Sonden für intronische und regulatorische Varianten der Klassen 4 und 5 aus HGMD- und ClinVar-Annotation, Stand 01/2025).
Library: Capture based TWIST Library
Sequenzierung:
Aviti, Illumina- NovaSeq6000 oder NovaseqX Sequencer
Variantenklassifikation gemäß ACMG-Guidelines (Richards et al. 2015, PMID: 25741868) sowie, falls verfügbar, Gen-spezifischer Guidelines (https://cspec.genome.network/cspec/ui/svi) Varianten unklarer Signifikanz (VUS) werden nur berichtet, wenn sie als klinisch relevant angesehen werden Punktesystem nach Tavtigian et al., 2020, PMID: 32720330): „hot“ VUS: 5 Punkte; „warm“ VUS: 4 Punkte; „tepid“ VUS: 3 Punkte; „cool“ VUS: 2 Punkte; „cold“ VUS: 1 Punkt; „ice cold“ VUS: 0 Punkte).
Bestätigung des NGS-Ergebnisses wird für krankheitsauslösende Varianten mittels konventioneller Sanger-Sequenzierung durchgeführt, sofern die internen Qualitätskriterien nicht erfüllt sind.
Limitationen: Varianten (SNV/InDels) werden ab einer Allelfrequenz von >25% nachgewiesen. Größere Insertionen/Deletionen oder InDels können unter Umständen nicht detektiert werden, da sie als nicht-passende Bereiche vom Mapping-Algorithmus entfernt werden. Nicht alle potentiell relevanten Bereiche der untersuchten Gene (z. B. regulatorische Bereiche, Introns) können komplett abgedeckt werden. Strukturaberration oder Keimbahnmosaike können nicht ausgeschlossen werden. Bereiche mit schwierigen Sequenzbereichen wie z.B. repetitiven Sequenzen oder homologen Bereichen (LINEs, SINEs, Alu-Elemente, Pseudogenen oder Trinukleotid-Repeats) mit deutlich eingeschränkten Nachweisgrenze.
Glycin-Enzephalopathie (GCE)
AMT,
GCSH,
GLDC,
LIAS,
SLC6A9
Molybdän-Cofaktor-Defizienz (MOCOD)
GPHN,
MOCS1,
MOCS2
Zerebrales Kreatinmangelsyndrom (CCDS)
GAMT,
GATM,
SLC6A8
Ahornsirupkrankheit (MSUD)
BCKDHA,
BCKDHB,
DBT,
DLD,
PPM1K
2-Hydroxy-Glutarazidurie
D2HGDH,
IDH2,
L2HGDH,
SLC25A1
GM2-Gangliosidose
GM2A,
HEXA,
HEXB
Neuronale Ceroid-Lipofuszinose (CLN)
CLN3,
CLN5,
CLN6,
CLN8,
CTSD,
CTSF,
DNAJC5,
GRN,
KCTD7,
MFSD8,
PPT1,
TPP1
Gesamte Genliste
ABAT, ACY1, ADSL, ALDH4A1, ALDH5A1, ALDH7A1, AMT, ARG1, ATIC, ATP7A, BCKDHA, BCKDHB, BCKDK, BTD, CLN3, CLN5, CLN6, CLN8, CNNM2, CPS1, CTSD, CTSF, D2HGDH, DBT, DHFR, DLD, DNAJC5, DPYD, ETFA, ETFB, ETFDH, ETHE1, FH, FOLR1, GAMT, GATM, GCDH, GCH1, GCSH, GLDC, GLUL, GM2A, GPHN, GRN, HEXA, HEXB, HIBCH, HLCS, IDH2, IVD, KCTD7, L2HGDH, LIAS, MDH2, MFSD8, MOCS1, MOCS2, MTHFR, NEU1, OTC, PAH, PC, PCBD1, PCCA, PCCB, PGK1, PHGDH, PLPBP, PNPO, POLG, PPM1K, PPT1, PRODH, PTS, QDPR, SLC19A3, SLC25A1, SLC2A1, SLC46A1, SLC6A8, SLC6A9, SUOX, TPK1, TPP1
HPO Terms
Epileptic seizures, Infantile spasms, Refractory epilepsy, Status epilepticus, Neonatal seizures, Developmental delay, Hyperammonemia, Elevated lactate, Hypoglycemia, Hyperglycinemia, Elevated BCAAs, Metabolic disorder, Metabolic encephalopathy, Seizure cluster, Seizure disorder, Early infantile onset, Seizure onset in infancy, Recurrent seizures, Seizure onset in early childhood, Seizure onset in childhood
