Methodik
ROI: complete Reference cDNA includierend +/-20bp exon intron Grenze plus Custom Spike-in (Sonden für intronische und regulatorische Varianten der Klassen 4 und 5 aus HGMD- und ClinVar-Annotation, Stand 01/2025).
Library: Capture based TWIST Library
Sequenzierung:
Aviti, Illumina- NovaSeq6000 oder NovaseqX Sequencer
Variantenklassifikation gemäß ACMG-Guidelines (Richards et al. 2015, PMID: 25741868) sowie, falls verfügbar, Gen-spezifischer Guidelines (https://cspec.genome.network/cspec/ui/svi) Varianten unklarer Signifikanz (VUS) werden nur berichtet, wenn sie als klinisch relevant angesehen werden Punktesystem nach Tavtigian et al., 2020, PMID: 32720330): „hot“ VUS: 5 Punkte; „warm“ VUS: 4 Punkte; „tepid“ VUS: 3 Punkte; „cool“ VUS: 2 Punkte; „cold“ VUS: 1 Punkt; „ice cold“ VUS: 0 Punkte).
Bestätigung des NGS-Ergebnisses wird für krankheitsauslösende Varianten mittels konventioneller Sanger-Sequenzierung durchgeführt, sofern die internen Qualitätskriterien nicht erfüllt sind.
Limitationen: Varianten (SNV/InDels) werden ab einer Allelfrequenz von >25% nachgewiesen. Größere Insertionen/Deletionen oder InDels können unter Umständen nicht detektiert werden, da sie als nicht-passende Bereiche vom Mapping-Algorithmus entfernt werden. Nicht alle potentiell relevanten Bereiche der untersuchten Gene (z. B. regulatorische Bereiche, Introns) können komplett abgedeckt werden. Strukturaberration oder Keimbahnmosaike können nicht ausgeschlossen werden. Bereiche mit schwierigen Sequenzbereichen wie z.B. repetitiven Sequenzen oder homologen Bereichen (LINEs, SINEs, Alu-Elemente, Pseudogenen oder Trinukleotid-Repeats) mit deutlich eingeschränkten Nachweisgrenze.
Periventrikuläre noduläre Heterotopie (PVNH)
ARF1,
ARFGEF2,
ERMARD,
FLNA,
MAP1B,
NEDD4L
Komplexe kortikale Dysplasie (CDCBM)
APC2,
CAMSAP1,
CTNNA2,
DYNC1H1,
KIF26A,
KIF2A,
KIF5C,
TUBA1A,
TUBB,
TUBB2A,
TUBB2B,
TUBB3,
TUBG1
Lissenzephalie (LIS)
ARX,
CDK5,
CEP85L,
DCX,
KATNB1,
LAMB1,
MACF1,
NDE1,
PAFAH1B1,
RELN,
TMTC3,
TUBA1A
Walker-Warburg-Syndrom (MDDGA)
B3GALNT2,
B4GAT1,
CRPPA,
DAG1,
FKRP,
FKTN,
GMPPB,
LARGE1,
POMGNT1,
POMGNT2,
POMK,
POMT1,
POMT2,
RXYLT1
Polymikrogyrie
ADGRG1,
AKT3,
CCND2,
COL3A1,
FIG4,
KIFBP,
OCLN,
PI4KA,
PIK3CA,
PIK3R2,
RTTN,
TUBA1A,
TUBA8,
TUBB2B,
WDR62
Schizenzephalie
COL4A1,
COL4A2,
COLGALT1,
EMX2,
SHH,
SIX3,
WDR62
Gesamte Genliste
ACTB, ACTG1, ADGRG1, AKT3, APC2, ARF1, ARFGEF2, ARX, B3GALNT2, B4GAT1, CAMSAP1, CCND2, CDK5, CEP85L, COL3A1, COL4A1, COL4A2, COLGALT1, CRADD, CRPPA, CTNNA2, DAG1, DCHS1, DCX, DYNC1H1, EML1, EMX2, ERMARD, FAT4, FH, FIG4, FKRP, FKTN, FLNA, GMPPB, KATNB1, KIF26A, KIF2A, KIF5C, KIFBP, LAMB1, LAMC3, LARGE1, MACF1, MAP1B, MTOR, NDE1, NEDD4L, OCLN, PAFAH1B1, PHGDH, PI4KA, PIK3CA, PIK3R2, POMGNT1, POMGNT2, POMK, POMT1, POMT2, PSAT1, RAB18, RAB3GAP1, RAB3GAP2, RAC3, RELN, RTTN, RXYLT1, SHH, SIX3, TBC1D20, TMTC3, TSC1, TSC2, TUBA1A, TUBA8, TUBB, TUBB2A, TUBB2B, TUBB3, TUBG1, TUBGCP2, WDR62
HPO Terms
Polymicrogyria, Lissencephaly, Schizencephaly, Corpus callosum agenesis, Periventricular heterotopia, Cerebral malformation, Seizure, Developmental delay, Intellectual disability, Hydrocephalus, Cerebellar hypoplasia, Brain atrophy, Abnormal neuronal migration, Microcephaly, Macrocephaly, Brain malformation, Cortical dysplasia, Epilepsy, Abnormal brain structure, Abnormal cortical development