Ihr regionales Labor für Rückfragen und Beauftragung
| Material |
Dauer |
Akkreditierung |
| 3 - 5 ml EDTA-Blut |
3 - 5 Wochen |
ja |
Untersuchte Bereiche / Gene
| Genotyp |
OMIM-P |
Erbgang |
Phänotyp |
Methodik |
| GLI2 |
610829
|
AD |
Hirnfehlbidung, Hypophysendysfunktion und Sehnerv-Hypoplasie (HPE9) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| HESX1 |
182230
|
AD, AR |
Septooptische Dysplasie (De Morsier Syndrom) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| OTX2 |
610125
|
AD |
Sehnerv-Hypoplasie, Hypophysendysfunktion und Corpus callosum-Agenesie (MCOPS5) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| PAX6 |
165550
|
AD |
Sehnerv-Hypoplasie, Hypophysendysfunktion und Septum pellucidum-Agenesie |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| PROP1 |
262600
|
AR |
Panhypopituitarismus (PHPD2) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| SOX2 |
206900
|
AD |
Sehnerv-Hypoplasie, Hypophysendysfunktion und Corpus callosum-Agenesie (MCOPS3) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| SOX3 |
312000
|
XL |
Panhypopituitarismus (PHPX) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| TAX1BP3 |
605326
|
AR |
Dilatierte Kardiomyopathie und Septooptische Dysplasie |
SNV und CNV: Short Read NGS |
Methodik
ROI: complete Reference cDNA includierend +/-20bp exon intron Grenze plus Custom Spike-in (Sonden für intronische und regulatorische Varianten der Klassen 4 und 5 aus HGMD- und ClinVar-Annotation, Stand 01/2025).
Library: Capture based TWIST Library
Sequenzierung:
Aviti, Illumina- NovaSeq6000 oder NovaseqX Sequencer
Variantenklassifikation gemäß ACMG-Guidelines (Richards et al. 2015, PMID: 25741868) sowie, falls verfügbar, Gen-spezifischer Guidelines (https://cspec.genome.network/cspec/ui/svi) Varianten unklarer Signifikanz (VUS) werden nur berichtet, wenn sie als klinisch relevant angesehen werden Punktesystem nach Tavtigian et al., 2020, PMID: 32720330): „hot“ VUS: 5 Punkte; „warm“ VUS: 4 Punkte; „tepid“ VUS: 3 Punkte; „cool“ VUS: 2 Punkte; „cold“ VUS: 1 Punkt; „ice cold“ VUS: 0 Punkte).
Bestätigung des NGS-Ergebnisses wird für krankheitsauslösende Varianten mittels konventioneller Sanger-Sequenzierung durchgeführt, sofern die internen Qualitätskriterien nicht erfüllt sind.
Limitationen: Varianten (SNV/InDels) werden ab einer Allelfrequenz von >25% nachgewiesen. Größere Insertionen/Deletionen oder InDels können unter Umständen nicht detektiert werden, da sie als nicht-passende Bereiche vom Mapping-Algorithmus entfernt werden. Nicht alle potentiell relevanten Bereiche der untersuchten Gene (z. B. regulatorische Bereiche, Introns) können komplett abgedeckt werden. Strukturaberration oder Keimbahnmosaike können nicht ausgeschlossen werden. Bereiche mit schwierigen Sequenzbereichen wie z.B. repetitiven Sequenzen oder homologen Bereichen (LINEs, SINEs, Alu-Elemente, Pseudogenen oder Trinukleotid-Repeats) mit deutlich eingeschränkten Nachweisgrenze.
Septooptische Dysplasie
GLI2,
HESX1,
OTX2,
PAX6,
PROP1,
SOX2,
SOX3,
TAX1BP3
Kosten
Die Kosten werden bei bestehender medizinischer Indikation über einen Überweisungsschein Typ 10 (EBM) abgerechnet. Humangenetische Leistungen sind nicht budgetrelevant.
Für privatversicherte Patienten sowie private Kostenträger (Krankenhäuser etc.) können auf Wunsch entsprechende Kostenvoranschläge erstellt werden.
Gesamte Genliste
GLI2, HESX1, OTX2, PAX6, PROP1, SOX2, SOX3, TAX1BP3
HPO Terms
Optic nerve hypoplasia, Absent septum pellucidum, Anterior pituitary hypoplasia, Anterior pituitary agenesis, Hypopituitarism, Hypogonadotropic hypogonadism, Infertility, Intellectual disability, Seizure, Global developmental delay, Microphthalmia, Anophthalmia, Microcephaly, Macrocephaly, Hydrocephalus, Abnormal corpus callosum morphology, Hypoplasia of the corpus callosum, Short stature, Midface retrusion, Abnormality of the hypothalamus-pituitary axis