Methodik
ROI: complete Reference cDNA includierend +/-20bp exon intron Grenze plus Custom Spike-in (Sonden für intronische und regulatorische Varianten der Klassen 4 und 5 aus HGMD- und ClinVar-Annotation, Stand 01/2025).
Library: Capture based TWIST Library
Sequenzierung:
Aviti, Illumina- NovaSeq6000 oder NovaseqX Sequencer
Variantenklassifikation gemäß ACMG-Guidelines (Richards et al. 2015, PMID: 25741868) sowie, falls verfügbar, Gen-spezifischer Guidelines (https://cspec.genome.network/cspec/ui/svi) Varianten unklarer Signifikanz (VUS) werden nur berichtet, wenn sie als klinisch relevant angesehen werden Punktesystem nach Tavtigian et al., 2020, PMID: 32720330): „hot“ VUS: 5 Punkte; „warm“ VUS: 4 Punkte; „tepid“ VUS: 3 Punkte; „cool“ VUS: 2 Punkte; „cold“ VUS: 1 Punkt; „ice cold“ VUS: 0 Punkte).
Bestätigung des NGS-Ergebnisses wird für krankheitsauslösende Varianten mittels konventioneller Sanger-Sequenzierung durchgeführt, sofern die internen Qualitätskriterien nicht erfüllt sind.
Limitationen: Varianten (SNV/InDels) werden ab einer Allelfrequenz von >25% nachgewiesen. Größere Insertionen/Deletionen oder InDels können unter Umständen nicht detektiert werden, da sie als nicht-passende Bereiche vom Mapping-Algorithmus entfernt werden. Nicht alle potentiell relevanten Bereiche der untersuchten Gene (z. B. regulatorische Bereiche, Introns) können komplett abgedeckt werden. Strukturaberration oder Keimbahnmosaike können nicht ausgeschlossen werden. Bereiche mit schwierigen Sequenzbereichen wie z.B. repetitiven Sequenzen oder homologen Bereichen (LINEs, SINEs, Alu-Elemente, Pseudogenen oder Trinukleotid-Repeats) mit deutlich eingeschränkten Nachweisgrenze.
Ektodermale Dysplasie (Haare/Zähne/Nägel/Schweißdrüsen), nicht-syndromal
CST6,
DLX3,
EDA,
EDAR,
EDARADD,
GJB6,
HOXC13,
IKBKG,
KDF1,
KREMEN1,
KRT14,
KRT74,
KRT85,
LEF1,
LRP6,
MSX1,
NFKBIA,
TRAF6,
TSPEAR,
WNT10A
Ektodermale Dysplasie (Haare/Zähne/Nägel/Schweißdrüsen), syndromal
AP1B1,
CDH3,
CHUK,
DLX3,
DSG4,
GJA1,
GJB2,
GJB6,
GRHL2,
IKBKG,
KRT16,
KRT17,
KRT81,
KRT83,
KRT86,
NECTIN1,
NECTIN4,
NFKBIA,
PKP1,
PORCN,
PRKD1,
RIPK4,
SMARCAD1,
SREBF1,
TBX3,
TP63,
TRPS1,
TWIST2
Komplexe Syndrome mit ektodermaler Dysplasie
ANTXR1,
ARID1A,
ARID1B,
ATP6V1B2,
CDH1,
CTNND1,
CTSK,
DSG4,
DSP,
EVC,
EVC2,
FGF10,
FGFR2,
FGFR3,
HEPHL1,
IFT122,
IFT140,
IFT43,
IFT52,
INSR,
KCTD1,
KRT14,
KRT16,
KRT17,
KRT81,
KRT83,
KRT86,
NLRP1,
PEX1,
PEX6,
ROGDI,
SETBP1,
SLC25A24,
SMARCA4,
SMARCAD1,
SMARCB1,
SMARCE1,
SREBF1,
TBC1D24,
UBR1,
WDR19,
WDR35
Gesamte Genliste
ANAPC1, ANTXR1, AP1B1, APCDD1, ARID1A, ARID1B, ATP6V1B2, AXIN2, C3orf52, CDH1, CDH3, CDSN, CHUK, CST6, CTNND1, CTSK, DLX3, DSG4, DSP, EDA, EDAR, EDARADD, EVC, EVC2, FGF10, FGFR2, FGFR3, GJA1, GJB2, GJB6, GRHL2, HEPHL1, HOXC13, HR, IFT122, IFT140, IFT43, IFT52, IKBKG, INSR, KCTD1, KDF1, KREMEN1, KRT14, KRT16, KRT17, KRT25, KRT74, KRT81, KRT83, KRT85, KRT86, LEF1, LIPH, LPAR6, LRP6, MBTPS2, MSX1, NECTIN1, NECTIN4, NFKB2, NFKBIA, NLRP1, PAX9, PEX1, PEX6, PKP1, PORCN, PRKD1, RIPK4, ROGDI, RSPO4, SETBP1, SLC25A24, SMARCA4, SMARCAD1, SMARCB1, SMARCE1, SNRPE, SREBF1, ST14, TBC1D24, TBX3, TP63, TRAF6, TRPS1, TSPEAR, TWIST2, UBR1, WDR19, WDR35, WNT10A
HPO Terms
Ectodermal dysplasia, Anhidrosis, Hair loss, Nail dystrophy, Skin hyperkeratosis, Dental anomalies, Ectodermal skin lesions, Skin fragility, Skin atrophy, Anhidrotic ectodermal dysplasia, Hypotrichosis, Epidermal fragility, Hair abnormalities, Skin lesions, Ectodermal defects, Skin pigmentation anomalies, Dental caries, Abnormal hair morphology, Ectodermal fragility, Ectodermal skin defects
