Ihr regionales Labor für Rückfragen und Beauftragung
| Material |
Dauer |
Akkreditierung |
| 3 - 5 ml EDTA-Blut |
3 - 5 Wochen |
ja |
Untersuchte Bereiche / Gene
| Genotyp |
OMIM-P |
Erbgang |
Phänotyp |
Methodik |
| AAGAB |
148600
|
AD |
Palmoplantarkeratose (PPKP1A) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| ATP2A2 |
101900
|
AD |
Acrokeratosis verruciformis (AKV) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| DSG1 |
148700
|
AD |
Palmoplantarkeratose (PPKS1) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| DSP |
612908
|
AD |
Palmoplantarkeratose (PPKS2) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| GJB6 |
129500
|
AD |
Clouston-Syndrom (ECTD2) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| KRT1 |
607654
|
AD |
Palmoplantarkeratose (PPKS3) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| KRT6A |
615726
|
AD |
Pachyonychia congenita (PC3) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| KRT6B |
615728
|
AD |
Pachyonychia congenita (PC4) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| KRT6C |
615735
|
AD |
Pachyonychia congenita (PC) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| KRT16 |
167210
|
AD |
Pachyonychia congenita (PC1) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| KRT17 |
167200
|
AD |
Pachyonychia congenita (PC2) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| MBTPS2 |
300918
|
XLR |
Olmsted-Syndrom (OLMSX) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| TRPV3 |
614596
|
AD |
Olmsted-Syndrom (OLMS) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
Methodik
ROI: complete Reference cDNA includierend +/-20bp exon intron Grenze plus Custom Spike-in (Sonden für intronische und regulatorische Varianten der Klassen 4 und 5 aus HGMD- und ClinVar-Annotation, Stand 01/2025).
Library: Capture based TWIST Library
Sequenzierung:
Aviti, Illumina- NovaSeq6000 oder NovaseqX Sequencer
Variantenklassifikation gemäß ACMG-Guidelines (Richards et al. 2015, PMID: 25741868) sowie, falls verfügbar, Gen-spezifischer Guidelines (https://cspec.genome.network/cspec/ui/svi) Varianten unklarer Signifikanz (VUS) werden nur berichtet, wenn sie als klinisch relevant angesehen werden Punktesystem nach Tavtigian et al., 2020, PMID: 32720330): „hot“ VUS: 5 Punkte; „warm“ VUS: 4 Punkte; „tepid“ VUS: 3 Punkte; „cool“ VUS: 2 Punkte; „cold“ VUS: 1 Punkt; „ice cold“ VUS: 0 Punkte).
Bestätigung des NGS-Ergebnisses wird für krankheitsauslösende Varianten mittels konventioneller Sanger-Sequenzierung durchgeführt, sofern die internen Qualitätskriterien nicht erfüllt sind.
Limitationen: Varianten (SNV/InDels) werden ab einer Allelfrequenz von >25% nachgewiesen. Größere Insertionen/Deletionen oder InDels können unter Umständen nicht detektiert werden, da sie als nicht-passende Bereiche vom Mapping-Algorithmus entfernt werden. Nicht alle potentiell relevanten Bereiche der untersuchten Gene (z. B. regulatorische Bereiche, Introns) können komplett abgedeckt werden. Strukturaberration oder Keimbahnmosaike können nicht ausgeschlossen werden. Bereiche mit schwierigen Sequenzbereichen wie z.B. repetitiven Sequenzen oder homologen Bereichen (LINEs, SINEs, Alu-Elemente, Pseudogenen oder Trinukleotid-Repeats) mit deutlich eingeschränkten Nachweisgrenze.
Pachyonychia congenita (PC)
AAGAB,
ATP2A2,
DSG1,
DSP,
GJB6,
KRT1,
KRT16,
KRT17,
KRT6A,
KRT6B,
KRT6C,
MBTPS2,
TRPV3
Kosten
Die Kosten werden bei bestehender medizinischer Indikation über einen Überweisungsschein Typ 10 (EBM) abgerechnet. Humangenetische Leistungen sind nicht budgetrelevant.
Für privatversicherte Patienten sowie private Kostenträger (Krankenhäuser etc.) können auf Wunsch entsprechende Kostenvoranschläge erstellt werden.
Gesamte Genliste
AAGAB, ATP2A2, DSG1, DSP, GJB6, KRT1, KRT16, KRT17, KRT6A, KRT6B, KRT6C, MBTPS2, TRPV3
HPO Terms
Nail dystrophy, Palmoplantar hyperkeratosis, Palmoplantar keratoderma, Oral leukoplakia, Cyst, Hyperkeratotic papule, Hypergranulosis, Hyperkeratosis, Follicular hyperkeratosis, Hyperkeratotic skin plaque, Nail hyperkeratosis, Nail thickening, Onycholysis, Palmoplantar keratosis, Hyperkeratosis of skin, Hyperkeratosis of palms, Hyperkeratosis of soles, Nail bed hyperkeratosis, Hyperkeratosis of nails