Ihr regionales Labor für Rückfragen und Beauftragung
| Material |
Dauer |
Akkreditierung |
| 3 - 5 ml EDTA-Blut |
3 - 5 Wochen |
ja |
Untersuchte Bereiche / Gene
| Genotyp |
OMIM-P |
Erbgang |
Phänotyp |
Methodik |
| ACTC1 |
612794
|
AD |
Atriumseptumdefekt (ASD5) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| CITED2 |
614431
|
AD |
Ventrikelseptumdefekt (VSD2) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| CITED2 |
614433
|
AD |
Atriumseptumdefekt (ASD8) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| CRELD1 |
606217
|
AD |
Atrioventrikulärer Septumdefekt (AVSD2) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| GATA4 |
614429
|
AD |
Ventrikelseptumdefekt (VSD1) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| GATA4 |
607941
|
AD |
Atriumseptumdefekt (ASD2) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| GATA4 |
614430
|
AD |
Atrioventrikulärer Septumdefekt (AVSD4) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| GATA5 |
617912
|
AD |
Ventrikelseptumdefekt (CHTD5) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| GATA6 |
614475
|
AD |
Atriumseptumdefekt (ASD9) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| GATA6 |
614474
|
AD |
Atrioventrikulärer Septumdefekt (AVSD5) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| GJA1 |
600309
|
AD |
Atrioventrikulärer Septumdefekt (AVSD3) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| MYH6 |
614089
|
AD |
Atriumseptumdefekt (ASD3) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| NKX2-5 |
614432
|
AD |
Ventrikelseptumdefekt (VSD3) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| NKX2-5 |
108900
|
AD |
Atriumseptumdefekt (ASD7) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| NR2F2 |
615779
|
AD |
Atriumseptumdefekt (CHTD4) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| TBX20 |
611363
|
AD |
Atriumseptumdefekt (ASD4) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| TLL1 |
613087
|
AD |
Atriumseptumdefekt (ASD6) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
Methodik
ROI: complete Reference cDNA includierend +/-20bp exon intron Grenze plus Custom Spike-in (Sonden für intronische und regulatorische Varianten der Klassen 4 und 5 aus HGMD- und ClinVar-Annotation, Stand 01/2025).
Library: Capture based TWIST Library
Sequenzierung:
Aviti, Illumina- NovaSeq6000 oder NovaseqX Sequencer
Variantenklassifikation gemäß ACMG-Guidelines (Richards et al. 2015, PMID: 25741868) sowie, falls verfügbar, Gen-spezifischer Guidelines (https://cspec.genome.network/cspec/ui/svi) Varianten unklarer Signifikanz (VUS) werden nur berichtet, wenn sie als klinisch relevant angesehen werden Punktesystem nach Tavtigian et al., 2020, PMID: 32720330): „hot“ VUS: 5 Punkte; „warm“ VUS: 4 Punkte; „tepid“ VUS: 3 Punkte; „cool“ VUS: 2 Punkte; „cold“ VUS: 1 Punkt; „ice cold“ VUS: 0 Punkte).
Bestätigung des NGS-Ergebnisses wird für krankheitsauslösende Varianten mittels konventioneller Sanger-Sequenzierung durchgeführt, sofern die internen Qualitätskriterien nicht erfüllt sind.
Limitationen: Varianten (SNV/InDels) werden ab einer Allelfrequenz von >25% nachgewiesen. Größere Insertionen/Deletionen oder InDels können unter Umständen nicht detektiert werden, da sie als nicht-passende Bereiche vom Mapping-Algorithmus entfernt werden. Nicht alle potentiell relevanten Bereiche der untersuchten Gene (z. B. regulatorische Bereiche, Introns) können komplett abgedeckt werden. Strukturaberration oder Keimbahnmosaike können nicht ausgeschlossen werden. Bereiche mit schwierigen Sequenzbereichen wie z.B. repetitiven Sequenzen oder homologen Bereichen (LINEs, SINEs, Alu-Elemente, Pseudogenen oder Trinukleotid-Repeats) mit deutlich eingeschränkten Nachweisgrenze.
Atriumseptumdefekt und Ventrikelseptumdefekt (ASD, VSD, AVSD)
ACTC1,
CITED2,
CITED2,
CRELD1,
GATA4,
GATA4,
GATA4,
GATA5,
GATA6,
GATA6,
GJA1,
MYH6,
NKX2-5,
NKX2-5,
NR2F2,
TBX20,
TLL1
Kosten
Die Kosten werden bei bestehender medizinischer Indikation über einen Überweisungsschein Typ 10 (EBM) abgerechnet. Humangenetische Leistungen sind nicht budgetrelevant.
Für privatversicherte Patienten sowie private Kostenträger (Krankenhäuser etc.) können auf Wunsch entsprechende Kostenvoranschläge erstellt werden.
Gesamte Genliste
ACTC1, CITED2, CRELD1, GATA4, GATA5, GATA6, GJA1, MYH6, NKX2-5, NR2F2, TBX20, TLL1
HPO Terms
Atrial septal defect, Ventricular septal defect, Complete atrioventricular canal defect, Partial atrioventricular canal defect, Secundum atrial septal defect, Pulmonary arterial hypertension, Increased pulmonary vascular resistance, Left-to-right shunt, Right-to-left shunt, Congestive heart failure, Dyspnea, Chest pain, Palpitations, Exercise intolerance, Systolic heart murmur, Heart murmur, Atrial arrhythmia, Atrial fibrillation, Ventricular arrhythmia, Ventricular tachycardia