Ihr regionales Labor für Rückfragen und Beauftragung
| Material |
Dauer |
Akkreditierung |
| 3 - 5 ml EDTA-Blut |
3 - 5 Wochen |
ja |
Untersuchte Bereiche / Gene
| Genotyp |
OMIM-P |
Erbgang |
Phänotyp |
Methodik |
| DACT1 |
617466
|
AD |
Townes-Brocks-Syndrom (TBS2) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| GATA6 |
600001
|
AD |
Herzdefekte und andere Anomalien (HDCA) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| LMNA |
610140
|
AD |
Herz-Hand-Syndrom, slowenischer Typ |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| RBM8A |
274000
|
AR |
TAR-Syndrom (TAR) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| RECQL4 |
218600
|
AR |
Baller-Gerold-Syndrom (BGS) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| SALL1 |
107480
|
AD |
Townes-Brocks-Syndrom (TBS1) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| SALL4 |
607323
|
AD |
Okihiro-Syndrom (DRRS) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| TBX3 |
181450
|
AD |
Schinzel-Syndrom (UMS) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| TBX5 |
142900
|
AD |
Holt-Oram-Syndrom (HOS) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
Methodik
ROI: complete Reference cDNA includierend +/-20bp exon intron Grenze plus Custom Spike-in (Sonden für intronische und regulatorische Varianten der Klassen 4 und 5 aus HGMD- und ClinVar-Annotation, Stand 01/2025).
Library: Capture based TWIST Library
Sequenzierung:
Aviti, Illumina- NovaSeq6000 oder NovaseqX Sequencer
Variantenklassifikation gemäß ACMG-Guidelines (Richards et al. 2015, PMID: 25741868) sowie, falls verfügbar, Gen-spezifischer Guidelines (https://cspec.genome.network/cspec/ui/svi) Varianten unklarer Signifikanz (VUS) werden nur berichtet, wenn sie als klinisch relevant angesehen werden Punktesystem nach Tavtigian et al., 2020, PMID: 32720330): „hot“ VUS: 5 Punkte; „warm“ VUS: 4 Punkte; „tepid“ VUS: 3 Punkte; „cool“ VUS: 2 Punkte; „cold“ VUS: 1 Punkt; „ice cold“ VUS: 0 Punkte).
Bestätigung des NGS-Ergebnisses wird für krankheitsauslösende Varianten mittels konventioneller Sanger-Sequenzierung durchgeführt, sofern die internen Qualitätskriterien nicht erfüllt sind.
Limitationen: Varianten (SNV/InDels) werden ab einer Allelfrequenz von >25% nachgewiesen. Größere Insertionen/Deletionen oder InDels können unter Umständen nicht detektiert werden, da sie als nicht-passende Bereiche vom Mapping-Algorithmus entfernt werden. Nicht alle potentiell relevanten Bereiche der untersuchten Gene (z. B. regulatorische Bereiche, Introns) können komplett abgedeckt werden. Strukturaberration oder Keimbahnmosaike können nicht ausgeschlossen werden. Bereiche mit schwierigen Sequenzbereichen wie z.B. repetitiven Sequenzen oder homologen Bereichen (LINEs, SINEs, Alu-Elemente, Pseudogenen oder Trinukleotid-Repeats) mit deutlich eingeschränkten Nachweisgrenze.
Herz-Hand-Syndrom
DACT1,
GATA6,
LMNA,
RBM8A,
RECQL4,
SALL1,
SALL4,
TBX3,
TBX5
Kosten
Die Kosten werden bei bestehender medizinischer Indikation über einen Überweisungsschein Typ 10 (EBM) abgerechnet. Humangenetische Leistungen sind nicht budgetrelevant.
Für privatversicherte Patienten sowie private Kostenträger (Krankenhäuser etc.) können auf Wunsch entsprechende Kostenvoranschläge erstellt werden.
Gesamte Genliste
DACT1, GATA6, LMNA, RBM8A, RECQL4, SALL1, SALL4, TBX3, TBX5
HPO Terms
Preaxial hand polydactyly, Preaxial polydactyly, Atrial septal defect, Ventricular septal defect, Patent ductus arteriosus, Short stature, Renal hypoplasia, Renal insufficiency, Abnormal cardiac septum morphology, Abnormal pulmonary valve morphology, Abnormal mitral valve morphology, Abnormal vertebral morphology, Scoliosis, Abnormal rib morphology, Abnormal cardiovascular system morphology, Abnormal heart morphology, Tricuspid valve prolapse, Short 1st metacarpal, Short 5th finger, Abnormal nail morphology