Methodik
ROI: complete Reference cDNA includierend +/-20bp exon intron Grenze plus Custom Spike-in (Sonden für intronische und regulatorische Varianten der Klassen 4 und 5 aus HGMD- und ClinVar-Annotation, Stand 01/2025).
Library: Capture based TWIST Library
Sequenzierung:
Aviti, Illumina- NovaSeq6000 oder NovaseqX Sequencer
Variantenklassifikation gemäß ACMG-Guidelines (Richards et al. 2015, PMID: 25741868) sowie, falls verfügbar, Gen-spezifischer Guidelines (https://cspec.genome.network/cspec/ui/svi) Varianten unklarer Signifikanz (VUS) werden nur berichtet, wenn sie als klinisch relevant angesehen werden Punktesystem nach Tavtigian et al., 2020, PMID: 32720330): „hot“ VUS: 5 Punkte; „warm“ VUS: 4 Punkte; „tepid“ VUS: 3 Punkte; „cool“ VUS: 2 Punkte; „cold“ VUS: 1 Punkt; „ice cold“ VUS: 0 Punkte).
Bestätigung des NGS-Ergebnisses wird für krankheitsauslösende Varianten mittels konventioneller Sanger-Sequenzierung durchgeführt, sofern die internen Qualitätskriterien nicht erfüllt sind.
Limitationen: Varianten (SNV/InDels) werden ab einer Allelfrequenz von >25% nachgewiesen. Größere Insertionen/Deletionen oder InDels können unter Umständen nicht detektiert werden, da sie als nicht-passende Bereiche vom Mapping-Algorithmus entfernt werden. Nicht alle potentiell relevanten Bereiche der untersuchten Gene (z. B. regulatorische Bereiche, Introns) können komplett abgedeckt werden. Strukturaberration oder Keimbahnmosaike können nicht ausgeschlossen werden. Bereiche mit schwierigen Sequenzbereichen wie z.B. repetitiven Sequenzen oder homologen Bereichen (LINEs, SINEs, Alu-Elemente, Pseudogenen oder Trinukleotid-Repeats) mit deutlich eingeschränkten Nachweisgrenze.
Long-QT-Syndrom (LQT)
AKAP9,
ALG10B,
ANK2,
CACNA1C,
CALM1,
CALM2,
CALM3,
CAV3,
KCNE1,
KCNE2,
KCNH2,
KCNJ2,
KCNJ5,
KCNQ1,
SCN4B,
SCN5A,
SNTA1,
TRDN
Brugada-Syndrom (BRGDA)
ABCC9,
CACNA1C,
CACNA2D1,
CACNB2,
FGF12,
GPD1L,
HCN4,
KCND2,
KCND3,
KCNE3,
KCNE5,
KCNH2,
KCNJ8,
PKP2,
RANGRF,
SCN10A,
SCN1B,
SCN2B,
SCN3B,
SCN5A,
SEMA3A,
SLMAP,
TRPM4
Frühes Repolarisationssyndrom (ERS)
ABCC9,
CACNA1C,
CACNA2D1,
CACNB2,
DPP6,
GPD1L,
KCND3,
KCNE1,
KCNH2,
KCNJ8,
SCN10A,
SCN5A
Familiäres Vorhofflimmern (ATFB)
ABCC9,
GJA5,
KCNA5,
KCNE1,
KCNE2,
KCNE5,
KCNH2,
KCNJ2,
KCNQ1,
MYL4,
NPPA,
NUP155,
SCN1B,
SCN2B,
SCN3B,
SCN4B,
SCN5A
Short-QT-Syndrom (SQT)
CACNA1C,
CACNA2D1,
CACNB2,
KCNH2,
KCNJ2,
KCNQ1,
SLC4A3
Sick-Sinus-Syndrom (SSS)
GNB2,
HCN4,
MYH6,
SCN5A
Katecholaminerge polymorphe ventrikuläre Tachykardie (CPVT)
ANK2,
CALM1,
CALM2,
CALM3,
CASQ2,
KCNJ2,
RYR2,
TECRL,
TRDN
Arrhythmogene rechtsventrikuläre Dysplasie (ARVD)
CDH2,
CTNNA3,
DES,
DSC2,
DSG2,
DSP,
JUP,
LMNA,
PKP2,
PLN,
PRKAG2,
RYR2,
TGFB3,
TMEM43,
TTN
Gesamte Genliste
ABCC9, AKAP9, ALG10B, ANK2, CACNA1C, CACNA2D1, CACNB2, CALM1, CALM2, CALM3, CASQ2, CAV3, CDH2, CTNNA3, DES, DPP6, DSC2, DSG2, DSP, EMD, FGF12, GJA5, GNB2, GNB5, GPD1L, HCN4, JPH2, JUP, KCNA5, KCND2, KCND3, KCNE1, KCNE2, KCNE3, KCNE5, KCNH2, KCNJ2, KCNJ5, KCNJ8, KCNQ1, LEMD2, LMNA, MYH6, MYL4, NKX2-5, NPPA, NUP155, PKP2, PLN, PRKAG2, RANGRF, RYR2, SCN10A, SCN1B, SCN2B, SCN3B, SCN4B, SCN5A, SEMA3A, SLC4A3, SLMAP, SNTA1, TANGO2, TBX5, TECRL, TGFB3, TMEM43, TNNI3, TRDN, TRPM4, TTN
HPO Terms
Arrhythmia, Tachyarrhythmia, Bradyarrhythmia, Ventricular arrhythmia, Atrial arrhythmia, Sudden cardiac death, QT prolongation, Cardiac conduction abnormality, Bundle branch block, Atrioventricular block, Wolff-Parkinson-White syndrome, Pre-excitation, Accessory pathway, Ventricular tachycardia, Ventricular fibrillation, Atrial fibrillation, Atrial flutter, Noncompaction cardiomyopathy, ECG abnormalities, Cardiac conduction defect