Ihr regionales Labor für Rückfragen und Beauftragung
| Material |
Dauer |
Akkreditierung |
| 3 - 5 ml EDTA-Blut |
3 - 5 Wochen |
ja |
Untersuchte Bereiche / Gene
| Genotyp |
OMIM-P |
Erbgang |
Phänotyp |
Methodik |
| EYA1 |
113650
|
AD |
Branchiootorenales Syndrom (BOR1) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| SALL1 |
107480
|
AD |
Branchiootorenal-ähnliches Syndrom (TBS1) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| SIX1 |
608389
|
AD |
Branchiootorenales Syndrom (BOR) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| SIX5 |
610896
|
AD |
Branchiootorenales Syndrom (BOR2) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| TFAP2A |
113620
|
AD |
Branchiookulofaziales Syndrom (BOFS) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
Methodik
ROI: complete Reference cDNA includierend +/-20bp exon intron Grenze plus Custom Spike-in (Sonden für intronische und regulatorische Varianten der Klassen 4 und 5 aus HGMD- und ClinVar-Annotation, Stand 01/2025).
Library: Capture based TWIST Library
Sequenzierung:
Aviti, Illumina- NovaSeq6000 oder NovaseqX Sequencer
Variantenklassifikation gemäß ACMG-Guidelines (Richards et al. 2015, PMID: 25741868) sowie, falls verfügbar, Gen-spezifischer Guidelines (https://cspec.genome.network/cspec/ui/svi) Varianten unklarer Signifikanz (VUS) werden nur berichtet, wenn sie als klinisch relevant angesehen werden Punktesystem nach Tavtigian et al., 2020, PMID: 32720330): „hot“ VUS: 5 Punkte; „warm“ VUS: 4 Punkte; „tepid“ VUS: 3 Punkte; „cool“ VUS: 2 Punkte; „cold“ VUS: 1 Punkt; „ice cold“ VUS: 0 Punkte).
Bestätigung des NGS-Ergebnisses wird für krankheitsauslösende Varianten mittels konventioneller Sanger-Sequenzierung durchgeführt, sofern die internen Qualitätskriterien nicht erfüllt sind.
Limitationen: Varianten (SNV/InDels) werden ab einer Allelfrequenz von >25% nachgewiesen. Größere Insertionen/Deletionen oder InDels können unter Umständen nicht detektiert werden, da sie als nicht-passende Bereiche vom Mapping-Algorithmus entfernt werden. Nicht alle potentiell relevanten Bereiche der untersuchten Gene (z. B. regulatorische Bereiche, Introns) können komplett abgedeckt werden. Strukturaberration oder Keimbahnmosaike können nicht ausgeschlossen werden. Bereiche mit schwierigen Sequenzbereichen wie z.B. repetitiven Sequenzen oder homologen Bereichen (LINEs, SINEs, Alu-Elemente, Pseudogenen oder Trinukleotid-Repeats) mit deutlich eingeschränkten Nachweisgrenze.
Branchiootorenales Syndrom (BOR)
EYA1,
SALL1,
SIX1,
SIX5,
TFAP2A
Kosten
Die Kosten werden bei bestehender medizinischer Indikation über einen Überweisungsschein Typ 10 (EBM) abgerechnet. Humangenetische Leistungen sind nicht budgetrelevant.
Für privatversicherte Patienten sowie private Kostenträger (Krankenhäuser etc.) können auf Wunsch entsprechende Kostenvoranschläge erstellt werden.
Gesamte Genliste
EYA1, SALL1, SIX1, SIX5, TFAP2A
HPO Terms
Branchial fistula, Branchial cyst, Branchial anomaly, Branchial sinus, Preauricular pit, Preauricular skin tag, Microtia, Abnormal ear morphology, Hearing impairment, Sensorineural hearing impairment, Conductive hearing impairment, Renal hypoplasia, Renal dysplasia, Multicystic dysplastic kidney, Hydronephrosis, Vesicoureteral reflux, Renal agenesis, Facial asymmetry, Facial palsy