Methodik
ROI: complete Reference cDNA includierend +/-20bp exon intron Grenze plus Custom Spike-in (Sonden für intronische und regulatorische Varianten der Klassen 4 und 5 aus HGMD- und ClinVar-Annotation, Stand 01/2025).
Library: Capture based TWIST Library
Sequenzierung:
Aviti, Illumina- NovaSeq6000 oder NovaseqX Sequencer
Variantenklassifikation gemäß ACMG-Guidelines (Richards et al. 2015, PMID: 25741868) sowie, falls verfügbar, Gen-spezifischer Guidelines (https://cspec.genome.network/cspec/ui/svi) Varianten unklarer Signifikanz (VUS) werden nur berichtet, wenn sie als klinisch relevant angesehen werden Punktesystem nach Tavtigian et al., 2020, PMID: 32720330): „hot“ VUS: 5 Punkte; „warm“ VUS: 4 Punkte; „tepid“ VUS: 3 Punkte; „cool“ VUS: 2 Punkte; „cold“ VUS: 1 Punkt; „ice cold“ VUS: 0 Punkte).
Bestätigung des NGS-Ergebnisses wird für krankheitsauslösende Varianten mittels konventioneller Sanger-Sequenzierung durchgeführt, sofern die internen Qualitätskriterien nicht erfüllt sind.
Limitationen: Varianten (SNV/InDels) werden ab einer Allelfrequenz von >25% nachgewiesen. Größere Insertionen/Deletionen oder InDels können unter Umständen nicht detektiert werden, da sie als nicht-passende Bereiche vom Mapping-Algorithmus entfernt werden. Nicht alle potentiell relevanten Bereiche der untersuchten Gene (z. B. regulatorische Bereiche, Introns) können komplett abgedeckt werden. Strukturaberration oder Keimbahnmosaike können nicht ausgeschlossen werden. Bereiche mit schwierigen Sequenzbereichen wie z.B. repetitiven Sequenzen oder homologen Bereichen (LINEs, SINEs, Alu-Elemente, Pseudogenen oder Trinukleotid-Repeats) mit deutlich eingeschränkten Nachweisgrenze.
Renale Hypodysplasie/Aplasie und renale Agenesie
ANOS1,
BICC1,
BMP4,
CEP55,
DSTYK,
FAT4,
FGF20,
FREM1,
GATA3,
GFRA1,
GREB1L,
HNF1B,
ITGA8,
NEK8,
NPHP3,
NRIP1,
PAX2,
PBX1,
RET,
ROBO1,
SALL1,
TBX18,
UPK3A,
WBP11,
WNT4
Vesikoureteraler Reflux (VUR)
DSTYK,
HPSE2,
LRIG2,
NRIP1,
PAX2,
PBX1,
ROBO2,
SOX17,
TBX18,
TNXB
Branchiootorenales Syndrom (BOR)
EYA1,
SALL1,
SIX1,
SIX5,
TFAP2A
Renale tubuläre Dysgenesie (RTD)
ACE,
AGT,
AGTR1,
REN
Fraser-Syndrom (FRASRS)
FRAS1,
FREM2,
GRIP1
MMIH-Syndrom (MMIHS)
ACTG2,
LMOD1,
MYH11,
MYL9,
MYLK
Gesamte Genliste
ACE, ACTG2, AGT, AGTR1, ANOS1, BICC1, BMP4, BNC2, CDC5L, CEP55, CHD1L, CHRM3, CRKL, DSTYK, EYA1, FAT4, FGF20, FRAS1, FREM1, FREM2, GATA3, GFRA1, GLI3, GREB1L, GRIP1, HNF1B, HPSE2, ITGA8, KIF14, LIFR, LMOD1, LRIG2, LRP4, MUC1, MYH11, MYL9, MYLK, NEK8, NPHP3, NRIP1, PAX2, PBX1, REN, RET, ROBO1, ROBO2, SALL1, SIX1, SIX2, SIX5, SLIT2, SOX11, SOX17, TBC1D1, TBX18, TFAP2A, TNXB, TRAP1, UMOD, UPK3A, WBP11, WNT4
HPO Terms
Hydronephrosis, Vesicoureteral reflux, Congenital megaureter, Ureter duplex, Duplicated collecting system, Bifid ureter, Crossed fused renal ectopia, Sonographic non‑visualized fetal bladder, Renal cysts, Renal cortical microcysts, Ureteral atresia, Grade III vesicoureteral reflux, Grade IV vesicoureteral reflux, Kidney cystic disease, Kidney cysts, Kidney cortical microcysts, Kidney anomaly, Kidney developmental disorder