Ihr regionales Labor für Rückfragen und Beauftragung
| Material |
Dauer |
Akkreditierung |
| 3 - 5 ml EDTA-Blut |
3 - 5 Wochen |
ja |
Untersuchte Bereiche / Gene
| Genotyp |
OMIM-P |
Erbgang |
Phänotyp |
Methodik |
| DHODH |
263750
|
AR |
Akrofaziale Dysostose, postaxialer Typ (POADS) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| EDNRA |
616367
|
AD |
MFD mit Alopecia (MFDA) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| EFTUD2 |
610536
|
AD |
MFD mit Mikrozephalie (MFDGA) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| POLR1A |
616462
|
AD |
Akrofaziale Dysostose, Cincinnati-Typ (AFDCIN) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| POLR1B |
618939
|
AD |
Treacher-Collins-Syndrom (TCS4) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| POLR1C |
248390
|
AR |
Treacher-Collins-Syndrom (TCS3) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| POLR1D |
613717
|
AD, AR |
Treacher-Collins-Syndrom (TCS2) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| RPS28 |
606164
|
AD |
Diamond-Blackfan-Anämie mit MFD (DBA15) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| SF3B4 |
154400
|
AD |
MFD mit Gliedmaßenanomalien (AFD1) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| TCOF1 |
154500
|
AD |
Treacher-Collins-Syndrom (TCS1, MFD1) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
| TSR2 |
300946
|
XLR |
Diamond-Blackfan-Anämie mit MFD (DBA14) |
SNV und CNV: Short Read NGS |
Methodik
ROI: complete Reference cDNA includierend +/-20bp exon intron Grenze plus Custom Spike-in (Sonden für intronische und regulatorische Varianten der Klassen 4 und 5 aus HGMD- und ClinVar-Annotation, Stand 01/2025).
Library: Capture based TWIST Library
Sequenzierung:
Aviti, Illumina- NovaSeq6000 oder NovaseqX Sequencer
Variantenklassifikation gemäß ACMG-Guidelines (Richards et al. 2015, PMID: 25741868) sowie, falls verfügbar, Gen-spezifischer Guidelines (https://cspec.genome.network/cspec/ui/svi) Varianten unklarer Signifikanz (VUS) werden nur berichtet, wenn sie als klinisch relevant angesehen werden Punktesystem nach Tavtigian et al., 2020, PMID: 32720330): „hot“ VUS: 5 Punkte; „warm“ VUS: 4 Punkte; „tepid“ VUS: 3 Punkte; „cool“ VUS: 2 Punkte; „cold“ VUS: 1 Punkt; „ice cold“ VUS: 0 Punkte).
Bestätigung des NGS-Ergebnisses wird für krankheitsauslösende Varianten mittels konventioneller Sanger-Sequenzierung durchgeführt, sofern die internen Qualitätskriterien nicht erfüllt sind.
Limitationen: Varianten (SNV/InDels) werden ab einer Allelfrequenz von >25% nachgewiesen. Größere Insertionen/Deletionen oder InDels können unter Umständen nicht detektiert werden, da sie als nicht-passende Bereiche vom Mapping-Algorithmus entfernt werden. Nicht alle potentiell relevanten Bereiche der untersuchten Gene (z. B. regulatorische Bereiche, Introns) können komplett abgedeckt werden. Strukturaberration oder Keimbahnmosaike können nicht ausgeschlossen werden. Bereiche mit schwierigen Sequenzbereichen wie z.B. repetitiven Sequenzen oder homologen Bereichen (LINEs, SINEs, Alu-Elemente, Pseudogenen oder Trinukleotid-Repeats) mit deutlich eingeschränkten Nachweisgrenze.
Treacher-Collins-Syndrom (TCS)
POLR1B,
POLR1C,
POLR1D,
TCOF1
Kosten
Die Kosten werden bei bestehender medizinischer Indikation über einen Überweisungsschein Typ 10 (EBM) abgerechnet. Humangenetische Leistungen sind nicht budgetrelevant.
Für privatversicherte Patienten sowie private Kostenträger (Krankenhäuser etc.) können auf Wunsch entsprechende Kostenvoranschläge erstellt werden.
Gesamte Genliste
DHODH, EDNRA, EFTUD2, POLR1A, POLR1B, POLR1C, POLR1D, RPS28, SF3B4, TCOF1, TSR2
HPO Terms
Micrognathia, Microtia, Cleft palate, Cleft upper lip, Cleft lip, Hypoplasia of the maxilla, Retrognathia, Abnormality of the middle ear, Conductive hearing impairment, Abnormality of the outer ear, Abnormal palate morphology, Facial asymmetry, Ectropion of lower eyelids, Eyelid coloboma, Abnormality of the teeth, Hypodontia, Conical tooth, Microphthalmia, Abnormal facial shape, Posteriorly rotated ears